Cơ cấu tổ chức chính quyền xã Phú Quý được sắp xếp, bố trí như sau:

*Về Hội đồng nhân dân gồm:

• 01 Chủ tịch Hội đồng nhân dân.
• 01 Phó chủ tịch Hội đồng nhân dân.

*Về Ủy ban nhân dân gồm:

• 01 Chủ tịch Ủy ban nhân dân.
• 02  Phó chủ tịch Ủy ban nhân dân.
• 02 Ủy viên Ủy ban nhân dân (Gồm công chức Trưởng công an xã và Chỉ huy trưởng quân sự).
• 09 chức danh chuyên môn gồm:

.
+ 01 Chỉ huy trưởng quân sự.
+ 02 Văn phòng - thống kê
+ 02 ĐC -NN - XD - MT
+ 01 Tài chính – kế toán.
+ 01 Tư pháp – Hộ tịch.
+ 02 Văn hóa – xã hội.